给大家隆重推荐deepin上第一款分子生物学专用工具!
做分子克隆的人,电脑里基本都装着一款画质粒图谱的软件。其中最出名的当属 SnapGene——好用是真好用,但授权价格不低,而且 Linux 端没有老佛爷版。这里介绍一个全选的程序,已经上架Deepin商店与星火应用商店:GenePad(基因工坊),一款跨平台基因图谱编辑器,覆盖 Windows、macOS、Linux,甚至提供 Android 版,当前处于免费公测阶段。日常的图谱查看、编辑与保存均不收费,以后也不打算对这种基础功能收费——如果你正在找一款能日常顶上的 SnapGene 平替,不妨一试,下载链接见文末。
打开质粒文件后,图谱、序列、酶切位点与引物信息在同一界面中呈现;点击各视图右上角的 ×,可随时隐藏不需要的面板。在序列视图中可以直接选择、插入、替换序列,查找特定片段(支持反向互补),也可为序列添加引物与标注。这些基础操作与同类软件的使用习惯一致,打开就能上手。
当然,以上只是一个基因图谱编辑器应有的基础。GenePad 的特色功能集中在工具箱中:选中一段序列,或直接右键点击某个序列标注,即可调用电泳模拟、sgRNA 设计,或将选中序列一键提交 BLAST(自动跳转 NCBI 网页并填入序列)。至于复制、粘贴、替换、标注与添加引物,则属于标配操作。
Sanger 测序比对:支持将 Sanger 测序的 AB1 峰图文件直接导入,色谱、reads 与参考序列按碱基逐一对齐,结果中给出比对一致率与 E-value,错配位点以红色标示,便于快速判断各测序反应的质量与错配位置。
以上不过是一款基因图谱编辑工具应有的基础功能罢了,引物设计,酶切位点显示,添加标注,自动标注通用元件等功能就不再赘述。以下介绍一些特色功能。
NGS 数据查看。 这一功能在同类桌面软件中较为少见,而对做 NGS 的朋友来说,这类轻量工具也确实难找。GenePad 可直接打开 fastq.gz / fastq / fq.gz / fq 文件,无需预先解压;双端测序的 R1、R2 文件自动识别配对,做 PE(Paired End)测序时,程序还会将双端 reads 逐条拼接。界面中每个碱基按 Phred 质量着色,测序质量一目了然。此外支持以氨基酸片段检索定位多变区、设置裁切锚点对整个文件批量截取,并一键生成文库丰度报告(可导出 CSV)。它适合不依赖比对流程的轻量级查看与统计场景——例如构建噬菌体展示进化文库时,可直接裁切出目标多变区,快速获取各轮筛选的富集信息。更多信息请阅读https://genepad.cn/ngs
基因文件库。 随着课题推进,质粒文件往往分散于多个文件夹,且文件名与其属性脱节。该模块将分散存储的质粒文件纳入统一索引(仅建索引,不改动原始文件),并由 AI 依据序列与标注自动生成性质标签(如 lentiviral、sgRNA、ampicillin)。你既可以按项目分类查找质粒,也可以按性质标签筛选定位;实在想不起某个质粒是什么,还可以直接问 AI 助手,让它替你把文件找出来。更多信息请阅读https://genepad.cn/library
使用其它软件打开。 开发者知道,有些场景下大家可能更习惯用 SnapGene 或其他工具继续处理文件,也有些序列文件需要更专业的软件做后续分析。因此在打开质粒文件后,程序保留了「使用其它程序打开」的入口,可将文件一键交给指定应用,或直接打开文件所在目录——文件的使用方式,由你自己决定。这也是这款软件创建的初衷:方便大家使用
此外,通用元件自动识别标注、ORF 预测、密码子优化等功能就不再一一列举了,欢迎自行探索。分子克隆模拟功能尚在开发中,将在后续版本中陆续加入。
欢迎将软件分享给国内外的同行朋友:除官方内置的中、英双语外,程序还支持通过 AI 将整个界面自动翻译为任意语言,希望非中英文母语的科研工作者也能用上它。
专业软件啊
是的,是分子生物学领域的专业软件。
天坑啊
Featured Collection
Popular Ranking
Popular Events
GenePad:一款免费的跨平台质粒图谱编辑器
给大家隆重推荐deepin上第一款分子生物学专用工具!
做分子克隆的人,电脑里基本都装着一款画质粒图谱的软件。其中最出名的当属 SnapGene——好用是真好用,但授权价格不低,而且 Linux 端没有老佛爷版。这里介绍一个全选的程序,已经上架Deepin商店与星火应用商店:GenePad(基因工坊),一款跨平台基因图谱编辑器,覆盖 Windows、macOS、Linux,甚至提供 Android 版,当前处于免费公测阶段。日常的图谱查看、编辑与保存均不收费,以后也不打算对这种基础功能收费——如果你正在找一款能日常顶上的 SnapGene 平替,不妨一试,下载链接见文末。
基础功能:熟悉的上手体验
打开质粒文件后,图谱、序列、酶切位点与引物信息在同一界面中呈现;点击各视图右上角的 ×,可随时隐藏不需要的面板。在序列视图中可以直接选择、插入、替换序列,查找特定片段(支持反向互补),也可为序列添加引物与标注。这些基础操作与同类软件的使用习惯一致,打开就能上手。
当然,以上只是一个基因图谱编辑器应有的基础。GenePad 的特色功能集中在工具箱中:选中一段序列,或直接右键点击某个序列标注,即可调用电泳模拟、sgRNA 设计,或将选中序列一键提交 BLAST(自动跳转 NCBI 网页并填入序列)。至于复制、粘贴、替换、标注与添加引物,则属于标配操作。
Sanger 测序比对:支持将 Sanger 测序的 AB1 峰图文件直接导入,色谱、reads 与参考序列按碱基逐一对齐,结果中给出比对一致率与 E-value,错配位点以红色标示,便于快速判断各测序反应的质量与错配位置。
特色功能
以上不过是一款基因图谱编辑工具应有的基础功能罢了,引物设计,酶切位点显示,添加标注,自动标注通用元件等功能就不再赘述。以下介绍一些特色功能。
NGS 数据查看。 这一功能在同类桌面软件中较为少见,而对做 NGS 的朋友来说,这类轻量工具也确实难找。GenePad 可直接打开 fastq.gz / fastq / fq.gz / fq 文件,无需预先解压;双端测序的 R1、R2 文件自动识别配对,做 PE(Paired End)测序时,程序还会将双端 reads 逐条拼接。界面中每个碱基按 Phred 质量着色,测序质量一目了然。此外支持以氨基酸片段检索定位多变区、设置裁切锚点对整个文件批量截取,并一键生成文库丰度报告(可导出 CSV)。它适合不依赖比对流程的轻量级查看与统计场景——例如构建噬菌体展示进化文库时,可直接裁切出目标多变区,快速获取各轮筛选的富集信息。更多信息请阅读https://genepad.cn/ngs
基因文件库。 随着课题推进,质粒文件往往分散于多个文件夹,且文件名与其属性脱节。该模块将分散存储的质粒文件纳入统一索引(仅建索引,不改动原始文件),并由 AI 依据序列与标注自动生成性质标签(如 lentiviral、sgRNA、ampicillin)。你既可以按项目分类查找质粒,也可以按性质标签筛选定位;实在想不起某个质粒是什么,还可以直接问 AI 助手,让它替你把文件找出来。更多信息请阅读https://genepad.cn/library
使用其它软件打开。 开发者知道,有些场景下大家可能更习惯用 SnapGene 或其他工具继续处理文件,也有些序列文件需要更专业的软件做后续分析。因此在打开质粒文件后,程序保留了「使用其它程序打开」的入口,可将文件一键交给指定应用,或直接打开文件所在目录——文件的使用方式,由你自己决定。这也是这款软件创建的初衷:方便大家使用
此外,通用元件自动识别标注、ORF 预测、密码子优化等功能就不再一一列举了,欢迎自行探索。分子克隆模拟功能尚在开发中,将在后续版本中陆续加入。
写在最后
欢迎将软件分享给国内外的同行朋友:除官方内置的中、英双语外,程序还支持通过 AI 将整个界面自动翻译为任意语言,希望非中英文母语的科研工作者也能用上它。