可能为了系统的稳定性，而把系统的配置文件恢复回去了吧？或者那些配置文件应该是系统程序自动生成的。Linux不建议随便更改系统程序自动生成的配置文件，文件管理器应该开设用户配置文件。类似.bashrc这样的。

一般来说 dpkg 在覆盖这种用户改过的配置文件前会先询问。如果没有问你，要么是打包人的锅，没有考虑用户可能修改的配置文件；要么就是图形化的系统更新程序或者自动更新自作主张帮你覆盖了。Pacman 在遇到这种情况的时候不会询问，会输出警告并直接把新文件安装为 .pacnew，当然前提也是打包者将该配置文件标记为需要备份。如果你不希望在每次更新相关软件包时都处理配置文件的冲突，你可能会对 nixos 或用 ostree 管理根目录的发行版感兴趣。