1、ls
ls（list）是一个用于列出目录内容的常见的Linux/Unix命令。它用于查看目录中包含的文件和子目录，以及它们的属性。基本语法：
ls ls -l (详细列表) -l：以长格式（详细信息）列出文件和目录。
ls -l -a：显示所有文件，包括隐藏文件（以.开头的文件和目录）。
ls -a -h：以人类可读的方式显示文件大小。
ls -h -t：按修改时间排序文件和目录。
ls -t -r：以相反的顺序列出文件和目录。
ls -r -R：递归列出子目录的内容。
ls -R -S：按文件大小排序。
ls -S --color：启用彩色输出，以区分不同类型的文件。
ls --color -i：显示文件的inode号。
ls -i -d：仅显示目录本身，而不显示其内容。
ls -d 2、cd切换目录
cd directory_path 3、pwd显示当前工作目录
pwd 4、touch创建空文件
touch filename 5、mkdir创建新目录
mkdir directory_name 6、rm删除文件或目录
rm (remove)，是一个基本的 UNIX 命令，在 Linux 系统中是一个非常重要的命令，用于删除文件或目录。同时这也是一个应谨慎使用的命令，错误的使用此命令可能会删除重要的文件和数据。要使用 rm 删除文件，用户不需要具有读取/写入权限，但是必须有该文件上级目录的写入权限。在 Linux 中删除文件或目录不像 Windows 那样简单，因为一旦删除文件，它不会进入回收站而是完全删除，之后要想恢复非常困难的。
rm file_name rm -r directory_name (递归删除目录) -f, --force: 在没有确认删除提示的下删除文件并忽略不存在的文件和参数
-i: 删除文件前提示确认
-I: 在删除三个以上的文件或递归删除文件之前提示确认，与 -i 选项相比，侵入性较小，同时提供防止频繁错误的保护。
-interactive [=WHEN]: 根据指定的 WHEN 进行确认提示：never，once (-I)，always (-i)，如果此参数不加 WHEN 则总是提示
--one-file-system: 递归删除一个层级时，跳过所有不符合命令行参数的文件系统上的文件
--no-preserve-root: 不对根目录 ‘/’ 进行任何特殊处理
--preserve-root [=all]: 不对根目录 ‘/’ 进行递归操作（默认启用）
-r, -R, -recursive: 以递归方式删除目录及其内容
-d, --dir: 不使用 -r/-R/-recursive 删除空目录，rm -dir 等同于 rmdir
-v, --verbose: 显示正在进行的步骤
--help: 显示可用的命令选项
--version: 输出 rm 命令的版本信息
7、cp复制文件或目录
cp source_file destination 8、mv移动或重命名文件
mv old_name new_name 9、cat查看文件内容
cat file_name 10、grep在文件中搜索文本
grep pattern file_name 11、ps显示运行中的进程
ps aux (显示所有进程) 12、kill终止进程
kill process_id 13、top查看系统资源使用情况
top 14、ifconfig查看和配置网络接口
ifconfig 15、ping测试网络连接
ping host_or_ip 16、ssh远程登录到其他机器
ssh username@hostname_or_ip 17、scp安全复制文件到远程主机
scp source_file username@hostname_or_ip:destination 18、chmod修改文件权限
chmod permissions file_name 19、chown修改文件所有者
chown new_owner file_name 20、tar压缩和解压文件
tar -cvzf archive_name.tar.gz directory_to_compress tar -xvzf archive_name.tar.gz 21、df显示磁盘使用情况
df 22、du显示目录占用的磁盘空间
du -h directory_name 23、find在文件系统中搜索文件
find /path/to/search -name filename 24、wget下载文件
wget URL 25、curl使用URL执行操作
curl URL 26、git版本控制工具
git clone repository_url 27、lsof列出打开的文件和套接字
lsof -i 28、netstat显示网络连接、路由、接口等信息
netstat -tuln 29、ssh-keygen生成SSH密钥
ssh-keygen 30、useradd创建新用户
useradd username 31、passwd更改用户密码
passwd username 32、ln创建链接（硬链接或符号链接）
ln source_file link_name 33、service启动、停止或重启系统服务
service service_name start|stop|restart 34、free显示内存使用情况
free 35、awk
awk '$1~/hello/{print $1}' 输入文件 F参数 定义输入文件分隔符，默认是空白；比如定义分隔符为;需要awk -F ";"
NF 输入文件对应的列的数目
NR 输入文件对应行的数目
OFS 定义输出文件中列与列之间的分割符，例如定义TAB分隔符OFS="\t"
36、sed
从gff文件中提取gene坐标bed文件
awk '$3~/gene/{print $1,$4,$5,$9}' OFS="\t" Gbarbadense_gene_model.gff3|awk -F ";" '{print $1}' |sed 's/ID=//g' >gene.bed 提取基因上下游3000bp启动子区域
awk -F ";" '{print $1}' ../../Ghirsutum_gene_model.gff3|awk -F "\t" '$3~/gene/&&$7=="-"{print $1,$5+1
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1、ls
ls（list）是一个用于列出目录内容的常见的Linux/Unix命令。它用于查看目录中包含的文件和子目录，以及它们的属性。基本语法：
ls
ls -l (详细列表)
-l：以长格式（详细信息）列出文件和目录。
ls -l
-a：显示所有文件，包括隐藏文件（以.开头的文件和目录）。
ls -a
-h：以人类可读的方式显示文件大小。
ls -h
-t：按修改时间排序文件和目录。
ls -t
-r：以相反的顺序列出文件和目录。
ls -r
-R：递归列出子目录的内容。
ls -R
-S：按文件大小排序。
ls -S
--color：启用彩色输出，以区分不同类型的文件。
ls --color
-i：显示文件的inode号。
ls -i
-d：仅显示目录本身，而不显示其内容。
ls -d
2、cd切换目录
cd directory_path
3、pwd显示当前工作目录
pwd
4、touch创建空文件
touch filename
5、mkdir创建新目录
mkdir directory_name
6、rm删除文件或目录
rm (remove)，是一个基本的 UNIX 命令，在 Linux 系统中是一个非常重要的命令，用于删除文件或目录。同时这也是一个应谨慎使用的命令，错误的使用此命令可能会删除重要的文件和数据。要使用 rm 删除文件，用户不需要具有读取/写入权限，但是必须有该文件上级目录的写入权限。在 Linux 中删除文件或目录不像 Windows 那样简单，因为一旦删除文件，它不会进入回收站而是完全删除，之后要想恢复非常困难的。
rm file_name
rm -r directory_name (递归删除目录)
-f, --force: 在没有确认删除提示的下删除文件并忽略不存在的文件和参数
-i: 删除文件前提示确认
-I: 在删除三个以上的文件或递归删除文件之前提示确认，与 -i 选项相比，侵入性较小，同时提供防止频繁错误的保护。
-interactive [=WHEN]: 根据指定的 WHEN 进行确认提示：never，once (-I)，always (-i)，如果此参数不加 WHEN 则总是提示
--one-file-system: 递归删除一个层级时，跳过所有不符合命令行参数的文件系统上的文件
--no-preserve-root: 不对根目录 ‘/’ 进行任何特殊处理
--preserve-root [=all]: 不对根目录 ‘/’ 进行递归操作（默认启用）
-r, -R, -recursive: 以递归方式删除目录及其内容
-d, --dir: 不使用 -r/-R/-recursive 删除空目录，rm -dir 等同于 rmdir
-v, --verbose: 显示正在进行的步骤
--help: 显示可用的命令选项
--version: 输出 rm 命令的版本信息
7、cp复制文件或目录
cp source_file destination
8、mv移动或重命名文件
mv old_name new_name
9、cat查看文件内容
cat file_name
10、grep在文件中搜索文本
grep pattern file_name
11、ps显示运行中的进程
ps aux (显示所有进程)
12、kill终止进程
kill process_id
13、top查看系统资源使用情况
top
14、ifconfig查看和配置网络接口
ifconfig
15、ping测试网络连接
ping host_or_ip
16、ssh远程登录到其他机器
ssh username@hostname_or_ip
17、scp安全复制文件到远程主机
scp source_file username@hostname_or_ip:destination
18、chmod修改文件权限
chmod permissions file_name
19、chown修改文件所有者
chown new_owner file_name
20、tar压缩和解压文件
tar -cvzf archive_name.tar.gz directory_to_compress
tar -xvzf archive_name.tar.gz
21、df显示磁盘使用情况
df
22、du显示目录占用的磁盘空间
du -h directory_name
23、find在文件系统中搜索文件
find /path/to/search -name filename
24、wget下载文件
wget URL
25、curl使用URL执行操作
curl URL
26、git版本控制工具
git clone repository_url
27、lsof列出打开的文件和套接字
lsof -i
28、netstat显示网络连接、路由、接口等信息
netstat -tuln
29、ssh-keygen生成SSH密钥
ssh-keygen
30、useradd创建新用户
useradd username
31、passwd更改用户密码
passwd username
32、ln创建链接（硬链接或符号链接）
ln source_file link_name
33、service启动、停止或重启系统服务
service service_name start|stop|restart
34、free显示内存使用情况
free
35、awk
awk '$1~/hello/{print $1}' 输入文件
F参数 定义输入文件分隔符，默认是空白；比如定义分隔符为;需要awk -F ";"
NF 输入文件对应的列的数目
NR 输入文件对应行的数目
OFS 定义输出文件中列与列之间的分割符，例如定义TAB分隔符OFS="\t"
36、sed
从gff文件中提取gene坐标bed文件
awk '$3~/gene/{print $1,$4,$5,$9}' OFS="\t" Gbarbadense_gene_model.gff3|awk -F ";" '{print $1}' |sed 's/ID=//g' >gene.bed
提取基因上下游3000bp启动子区域
awk -F ";" '{print $1}' ../../Ghirsutum_gene_model.gff3|awk -F "\t" '$3~/gene/&&$7=="-"{print $1,$5+1