我猜应该是StartupWMClass的问题，排查一下原因：
        1、找到文件管理器的.desktop文件，看看里面的Icon字段（=号后面）的路径是否指向了微信的图标，有则改之，没有则看下一步。
        2、找到微信的.desktop文件，看看里面的StartupWMClass字段（=号后面）的WMClass（窗口类）是否指向了文件管理器的WMClass，有则改成微信自己的WMClass，或者删除StartupWMClass字段。
    
PS:
        1、如何获得应用程序的WMClass（窗口类）
            首先运行一个应用实例（这里以Firefox为例），然后在终端运行：

xprop WM_CLASS

当鼠标指针变形后（可能是十字形）点击刚才的Firefox浏览器窗口。终端输出：

WM_CLASS(STRING) = "Navigator", "Firefox"

            这里的Navigator和Firefox都是Firefox浏览器的WMClass，我们只取其中一个就行。

        2、如何找到应用程序的.desktop文件（桌面配置文件）
            桌面配置文件一般存放在系统目录下的$XDG_DATA_DIRS/applications目录，或者用户目录下的~/.local/share/applications目录。
            系统目录下的$XDG_DATA_DIRS/applications可以通过以下命令把它们列出来：

for var in ${XDG_DATA_DIRS//:/ };do [ -d "$var/applications" ] && echo $var/applications ;done

            在我的电脑上输出是这个样子：

/var/lib/flatpak/exports/share/applications
/usr/local/share/applications
/usr/share/applications

/var/lib/flatpak/exports/share/applications目录存放我们使用flatpak命令安装应用程序时所产生的桌面配置文件。
/usr/local/share/applications目录一般存放我们通过编译安装应用程序时所产生的桌面配置文件。
/usr/share/applications目录存放我们通过apt之类命令安装应用程序时所产生的桌面配置文件。

绝对是StartupWMClass的问题。再找找，看看有没有其它desktop文件也使用了微信图标，同时StartupWMClass字段指向了文件管理器的WMClass。深度开发的桌面也是要符合Desktop Entry Specification （桌面输入规范）的，不可能自己另搞一套。一般来说，任务栏中的应用图标会优先显示窗口类图标。如果没有，就从desktop文件的Icon字段读取。造成这种情况，只能说你的applications目录 真的太乱了。

绝对是StartupWMClass的问题。再找找，看看有没有其它desktop文件也使用了微信图标，同时StartupWMClass字段指向了文件管理器的WMClass。深度开发的桌面也是要符合Desktop Entry Specification （桌面输入规范）的，不可能自己另搞一套。一般来说，任务栏中的应用图标会优先显示窗口类图标。如果没有，就从desktop文件的Icon字段读取。造成这种情况，只能说你的applications目录 真的太乱了。