一些化学相关软件的推荐与安装
Tofloor
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jfy_99
deepin
2020-08-03 04:20
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写在前面:在 deepin 上安装化学相关软件可以说是“小众中的小众”了。尽管如此,我还是把自己的安装过程记录下来,说不定也能帮到一些人呢。

一、结构绘制软件
1. ChemDraw
说到结构式的绘制,我们首先想到的就是 ChemDraw。它仅支持 Windows/Mac 平台,需要用 Wine 安装,在 .NET 环境下运行。首先通过 Winetricks 安装 .NET Framework 4.0 等,然后安装 ChemDraw。详见 Wine 应用数据库
但是,并不推荐在 deepin 上使用 ChemDraw。除了安装繁琐外,还有一个众所周知的原因,因此这里就不详细介绍了。

2. Marvin
作为 ChemDraw 的替代品,Marvin 具有免费和跨平台的优势。下载软件前,需要注册一个账号,然后来到下载页面。由于软件更新比较频繁,我选择的是页面底下的 LTS 版本。

选择 Debian 包下载,可以不必附带 OpenJDK,这样安装包会小些。

使用终端手动安装 OpenJDK,这样可以与其他软件共享:
sudo apt install openjdk-11-jre
然后安装 Marvin,就可以使用啦(以下是随手画的用作头像的分子)。


二、谱图解析软件
1. MestReNova
一款通用的谱图解析软件,支持核磁共振、色谱、质谱、红外和紫外光谱等,可跨平台使用。下载时,选择 Debian 10 版本,用于 deepin 20。

当然,软件的各个模块授权后才能使用,我只是下载下来瞄一眼……有需要请购买正版。


2. TopSpin
对于核磁共振相关实验,仪器厂商 Bruker 的软件 TopSpin 是需要经常打交道的。同样需要注册账号后下载。我选择的是 ISO 文件,非常大,因为囊括了所有系统的版本。

将 ISO 解压到一个文件夹,进入文件夹后右键“在终端中打开”,输入以下命令:
sudo apt install libxft2:i386
sudo ./install
然后就可以根据选择一路 Next 下去了。从启动器中打开软件,会提示授权,这时选择 Check Expiration Date of Bruker Licenses 就能打开主界面,但只有最基本的功能。学术用途使用可以免费授权,参看 ISO 文件中的说明文档来操作,步骤可能略多,就不一一列举了。

注意:TopSpin 对中文的支持欠佳,请避免安装在中文目录以及打开中文目录的文件。

三、量子计算软件
1. Gaussian
常用且易用的量子化学计算软件,安装过程也相对简单。以 Gaussian 16 为例:
将安装包中的 g16 文件夹解压至主目录(或其他非中文目录),打开终端,输入
export g16root=~
export GAUSS_SCRDIR=/tmp
source $g16root/g16/bsd/g16.profile
其中第一行指定 Gaussian 文件夹的路径,第二行指定临时文件夹,均可自行修改;第三行执行 Gaussian 自带的配置。之后 g16 命令就能运行了。
注意:Gaussian 自带的配置会与 Wine 冲突,如果要命令行启动 Wine,就不能把以上命令写入 bashrc 中。可以保存为一个 sh 脚本,在启动 Gaussian 前执行 source 脚本的命令。
在 deepin 上运行 Gaussian 的好处是可以方便地与 GaussView 一同使用。将安装包中的 gv 文件夹解压至 g16 相同的目录下,终端输入 gv 就能打开 GaussView。

2. Multiwfn
强大的波函数分析程序,解压即可运行。
其实推荐它是为了推荐计算化学公社博客……相信从事计算化学相关的研究者可以从中获益良多。

写在最后:这个帖子仅仅是推荐了一些化学相关软件,并简单介绍了安装方法。由于水平所限,软件的使用等专业问题我可能无法参与讨论。这是我把 deepin 应用到专业领域的一点小小的尝试,希望能有所帮助!

最后的最后,请无视这个神秘链接……
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SamLukeYes
deepin
2020-08-03 04:40
#1
marvin 好像要 license
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SamLukeYes
deepin
2020-08-03 04:44
#2
顺便提名一下 Avogadro 和 PyMOL
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jfy_99
deepin
2020-08-03 04:57
#3
https://bbs.deepin.org/post/198201
marvin 好像要 license

只用来画一画结构式、反应式可以不用,要用到“Calculations”下的高级功能等就需要授权了。可以申请一次 2 年免费的学术许可:https://academia.chemaxon.com/
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jfy_99
deepin
2020-08-03 05:02
#4
https://bbs.deepin.org/post/198201
顺便提名一下 Avogadro 和 PyMOL

感谢补充!
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SamLukeYes
deepin
2020-08-03 05:04
#5
https://bbs.deepin.org/post/198201
只用来画一画结构式、反应式可以不用,要用到“Calculations”下的高级功能等就需要授权了。可以申请一次 ...

好吧,终于找到获取 license 的地方了
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sgb76
deepin
2020-08-03 05:06
#6
建议投稿到星火商店吧,小白们可以一键下载安装
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Cris.Q
deepin
2020-08-03 05:10
#7
很棒的一篇文章,https://bbs.deepin.org/user/223313 上架一下
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SamLukeYes
deepin
2020-08-03 05:19
#8
话说 marvin 的缩放怎么调?1倍缩放眼睛要瞎了
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Hello
deepin
2020-08-03 05:21
#9
好的,最后一个能够安排上架
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jfy_99
deepin
2020-08-03 06:12
#10
https://bbs.deepin.org/post/198201
话说 marvin 的缩放怎么调?1倍缩放眼睛要瞎了

Marvin 是用 Java 编写的,GDK_SCALE 环境变量可以调节 Java 应用程序的缩放:
  1. GDK_SCALE=2 MarvinSketch
Copy the Code
需要 Java 9 及以上版本。
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jfy_99
deepin
2020-08-03 06:18
#11
其实我不建议这些应用上架到商店……需要授权的软件通常都不允许二次分发,即使是开源的 Multiwfn 也有引文协议。希望大家尽量前往软件的主页,阅读相关说明后下载。
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SamLukeYes
deepin
2020-08-03 06:33
#12
https://bbs.deepin.org/post/198201
Marvin 是用 Java 编写的,GDK_SCALE 环境变量可以调节 Java 应用程序的缩放:需要 Java 9 及以上版本。 ...

感谢
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jingle
deepin
2020-08-03 17:32
#13
@deepin_uos
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cs1028209087
deepin
2021-05-06 03:08
#14

很棒

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lizhipeng
deepin
2022-08-17 03:22
#15

用ACD ChemSketch 12,有教育用户免费版的,通过wine可以接近完美的运行。这个版本自带NMR解析,如果要NMR预测的话,直接去https://www.nmrdb.org/new_predictor/index.shtml?v=v2.130.1这个网页版本的。marvin的license很讨厌。另外, 这些软件都存在一个问题,不能像win下面跟office 很好的关联。

gaussian并不推荐,毕竟是盗版的,用orca 5 和avogadro 替代。其他的autodock,vmd ,namd ,pymol等等都有linux版本,很容易安装。

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