SamLukeYes
deepin
2020-08-03 04:40 marvin 好像要 license

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https://bbs.deepin.org/post/198201
marvin 好像要 license
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顺便提名一下 Avogadro 和 PyMOL
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只用来画一画结构式、反应式可以不用,要用到“Calculations”下的高级功能等就需要授权了。可以申请一次 ...


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话说 marvin 的缩放怎么调?1倍缩放眼睛要瞎了
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Marvin 是用 Java 编写的,GDK_SCALE 环境变量可以调节 Java 应用程序的缩放:需要 Java 9 及以上版本。 ...

很棒
用ACD ChemSketch 12,有教育用户免费版的,通过wine可以接近完美的运行。这个版本自带NMR解析,如果要NMR预测的话,直接去https://www.nmrdb.org/new_predictor/index.shtml?v=v2.130.1这个网页版本的。marvin的license很讨厌。另外, 这些软件都存在一个问题,不能像win下面跟office 很好的关联。
gaussian并不推荐,毕竟是盗版的,用orca 5 和avogadro 替代。其他的autodock,vmd ,namd ,pymol等等都有linux版本,很容易安装。
一、结构绘制软件
1. ChemDraw
说到结构式的绘制,我们首先想到的就是 ChemDraw。它仅支持 Windows/Mac 平台,需要用 Wine 安装,在 .NET 环境下运行。首先通过 Winetricks 安装 .NET Framework 4.0 等,然后安装 ChemDraw。详见 Wine 应用数据库。
但是,并不推荐在 deepin 上使用 ChemDraw。除了安装繁琐外,还有一个众所周知的原因,因此这里就不详细介绍了。
2. Marvin
作为 ChemDraw 的替代品,Marvin 具有免费和跨平台的优势。下载软件前,需要注册一个账号,然后来到下载页面。由于软件更新比较频繁,我选择的是页面底下的 LTS 版本。
选择 Debian 包下载,可以不必附带 OpenJDK,这样安装包会小些。
使用终端手动安装 OpenJDK,这样可以与其他软件共享:
二、谱图解析软件
1. MestReNova
一款通用的谱图解析软件,支持核磁共振、色谱、质谱、红外和紫外光谱等,可跨平台使用。下载时,选择 Debian 10 版本,用于 deepin 20。
当然,软件的各个模块授权后才能使用,我只是下载下来瞄一眼……有需要请购买正版。
2. TopSpin
对于核磁共振相关实验,仪器厂商 Bruker 的软件 TopSpin 是需要经常打交道的。同样需要注册账号后下载。我选择的是 ISO 文件,非常大,因为囊括了所有系统的版本。
将 ISO 解压到一个文件夹,进入文件夹后右键“在终端中打开”,输入以下命令:
注意:TopSpin 对中文的支持欠佳,请避免安装在中文目录以及打开中文目录的文件。
三、量子计算软件
1. Gaussian
常用且易用的量子化学计算软件,安装过程也相对简单。以 Gaussian 16 为例:
将安装包中的 g16 文件夹解压至主目录(或其他非中文目录),打开终端,输入
在 deepin 上运行 Gaussian 的好处是可以方便地与 GaussView 一同使用。将安装包中的 gv 文件夹解压至 g16 相同的目录下,终端输入 gv 就能打开 GaussView。
2. Multiwfn
强大的波函数分析程序,解压即可运行。
其实推荐它是为了推荐计算化学公社和博客……相信从事计算化学相关的研究者可以从中获益良多。