每种系统都有自己的安装包格式，Windows是exe、安卓是apk、Linux是deb，不同的系统不通用，所以不要问深度为什么不能运行exe，如果可以的话苹果和安卓为什么不直接使用exe而要开发新的安装包格式，微软的WP系统也不会因为生态问题挂了。
深度目前通过wine虚拟Windows环境运行了一些exe，如微信，但这是临时的办法不是长久之计，wine程序性能有问题，软件升级后要重新适配等。
如果你离不开一些exe，要么联系开发者开发Linux，要么继续使用Windows。