对于这个问题主要有两种解决办法：
1.在linux下安装wine，用wine来运行CAJViewer；
2.将CAJ文档转化为linux下的阅读器可以打开的文件（可用虚拟打印机）。
   或者说，我们如何可以在知网上下载到pdf格式的学位论文呢？
   解决办法如下：

• 下载安装火狐扩展Greasemonkey
• 下载安装地址普通版脚本在线安装地址：点我下载        
  特制版脚本在线安装地址：点我下载附件本地备份：CNKI 中国知网 PDF 全文下载.user.zip
  
• 在博士/硕士学位论文详细信息界面添加了「PDF下载」按钮，实现了博士/硕士学位论文的 PDF 下载功能，如下图所示。
  
  
  
  

原文地址：http://blog.yuelong.info/post/cnki-pdf-js.html